人類は古来より酵素を物質として利用してきました。紀元前３０００年頃の古代メソポタミアにさかのぼるビール醸造には麦芽が、紀元前８００年頃のホメロスの叙事詩オデッセイアに記述のあるチーズ作りには仔牛の胃袋が使われていましたが、これらは植物や動物の酵素を使用した例です。

　また臓器から排泄物に出た消化酵素を使用して、皮革なめし加工、ウールの洗浄、染み抜きが行なわれていました。